故事講述了主人公匡平離開了自己的故鄉來到東京開始了，過著平凡的大學生活。有一天夜里打算跟同班同學的日日乃告白，兩人卻意外目擊到了被斬殺的尸體。匡平有個妹妹叫詩緒，她有著“只”的資格可以操控被侍奉為“神的空殼”的神秘人偶“案山子”。她轉達了他關于他兒時玩伴阿幾逃出村子的消息。其實同樣是“只”的阿幾曾在村中引起過悲劇。后來他們遭到了阿幾的襲擊……諸神的戰斗即將展開……