每天過著平淡生活的少年克萊因救下了因被人追趕而墮崖的少女芙琉奈。這次的偶遇使克萊因的心神起伏不已，然而一晚過后芙琉奈卻突然消失得無影無蹤，只遺留了一枚胸針。芙琉奈說這是她笑容的泉源，看了克萊因嬰孩時期的笑容后更相信胸針能守護著克萊因。胸針內封印著一個跟芙琉奈相似的女孩奈莎。克萊因與從胸針具現化的奈莎一起踏上找尋芙琉奈的旅途，終發現了FRACTALE系統的秘密……