有一天，主人公黑羽快斗得知8年前失蹤的父親――黑羽盜一就是怪盜基德，父親的失蹤與一個黑衣組織有關。為了查找那個組織的真相，他繼承了怪盜的職業和名字，自己成為怪盜基德，不顧生命危險，想引出殺害爸爸的兇手。在一次行動中，他得知父親的敵人――秘密組織在圖謀長眠于大批珠寶中的可獲長生的“命運之石潘多拉”，為了粉碎他們的陰謀，他現在以比組織更早一步找到“潘多拉”為目標。因此，他的主要獵物都是與寶石相關的東西。