此次的主人公依然是愛莉卡和真白，故事緊接TV，盡管成為了MEISTER OTOME，但是學分不夠的艾莉卡不得不每天在加爾德羅貝學園接受補習課程。另一方面，真白也漸漸掌握了作為女王必須要做的事情，然而日復一日的平靜生活沒能維持多久，一顆隕石正在漸漸的逼近中……在這前所未有的危機面前各國通力合作，MEISTER OTOME也加入到了迎擊隕石的作戰行列之中……