住在東京郊外的某城市的初中生的少年·雨森始，由于從學校回家的時候在自己的家的電子鐵工所發(fā)生了的爆炸事故失去了父母。自己也被卷進爆炸，在住院處的醫(yī)院遇到神秘女性·雪野彌生據(jù)說是叔父雨森所長在筑波山天文臺的助手。 爆炸事故前后，在雨森始周圍開始發(fā)生奇怪的事件。出現(xiàn)謎一樣的神秘組織‘1000年盜賊’。不久，雨森始知道雪野彌生的真正身分是拉美圖派遣來引導地球的‘1000年女王’。 并且命運的時刻“1999年9月9日零時9分9秒”，正在一刻一刻地迫近。