冬樹和KERORO小隊一同去印加帝國的遺跡馬丘比丘觀光。冬樹一向喜歡神秘事物，到了那里非常興奮，而KERORO則依然滿腦子想著如何侵略地球。他們在那里發現了一個未被開發的古代迷宮，但因為中了陷阱不得不倉皇離開，沒能盡興地探查一番。就在脫離迷宮的一剎那，冬樹看到了一個少女的身影。回到東京之后，冬樹依然記掛著在迷宮中看到的神秘少女。不料，還沒來得及展開調查，強大的敵人出現在了他們面前——外表和KERORO簡直一模一樣的“暗黑KERORO”。頭腦冷靜、手腕犀利的暗黑KERORO率領優秀的部下JIVAVA、DORURU和MIRURU，迅速展..