鐵膽火車俠與黑暗軍團兩軍離開數年后。由于黑暗軍團再沒有入侵地球的事被判明，JHR基地面臨著被封閉的命運。不過現在，黑暗軍團又再度襲來。他們的目的是為了帶給人類不幸，并利用人類小學生圣橋健太來協助他們做壞事。期間健太誤入了500系新干線所行使的鐵軌上而快要被火車撞到。就在這時，光能量從宇宙飛來并與500系新干線合體，電光快車俠Lightning West變形！鐵膽火車俠與黑暗軍團的戰斗又再度展開了。