知名舞臺劇女演員牧樹里這日收到怪盜基德的預告信：在26個字母的盤旋飛舞中，他來拜領無價的“命運的寶石”。 毛利小五郎受到牧樹里委托將信件分析，認為基德將在演出最后一晚前來盜取寶石，當晚他及柯南、小蘭等人來到劇場，那里早有諸多警察守候。 令柯南吃驚的是，基德竟扮成工藤新一出現在眾人面前，但他及眾人方向不同的緊張過后，寶石并沒被盜，柯南醒悟字母預告信與航班相關。 而柯南、小蘭、牧樹里及其同事搭乘的前往北海道的飛機上，尚有一起殺人計劃正被精心設計……